Istoria palatului Schonbrunn şi a clădirilor anterioare lui datează încă din Evul Mediu, când proprietatea numită pe atunci Katterburg aparţinea unei mânăstiri, şi adăpostea o moară de apă, ferme şi podgorii.
în anul 1569, împăratul Maximilian II a cumpărat un mic palat şi a amenajat grădini vaste pentru a creşte aici păsări (curcani, păuni). Palatul şi grădinile au fost distruse de unguri şi reconstruite în 1605 de împăratul Mathias, care folosea domeniul pentru vânătoare. Legenda spune că în timpul unei partide de vânătoare împăratul Mathias a descoperit Un izvor pe care l-a numit Schoner Brunnen (Izvorul Frumos). De aici vine şi numele de astăzi al palatului – Schonbrunn (Fântâna Frumoasă).
De-a lungul timpului, palatul a fost distrus şi reconstruit de mai multe ori. În 1683 palatul a fost distrus de către turci, iar în 1692 a început construcţia noului palat la ordinul împăratului Leopold I, care vroia un palat care să rivalizeze cu palatul Versailles, deoarece Leopold I se credea egal cu Regele Soare (Ludovic al XIV-lea) . Arhitectul Johann Bernard Fischer von Erlach a terminat construcţia palatului în anul 1713.
În prezent palatul are 1442 de camere, din care doar 45 sunt deschise publicului.
În spatele palatului se întinde o grădină superbă, în capătul căreia se zăreşte o fântână la fel de superbă. Aceasta este Fântâna lui Neptun. Fântâna îl reprezintă pe zeul Neptun; în stânga sa se află o nimfă, iar în dreapta este înfăţişată zeiţa Thetis, care îi cere lui Neptun să calmeze apele pentru fiul ei, Ahile, plecat să cucerească Troia.
În spatele fântânii se înalţă un deal pe care se ridică, impunătoare, Gloriette. Această clădire a fost construită în anul 1775 şi reprezintă un arc triumfal, flancat de arcade. Clădirea era folosită pentru a admira priveliştea şi aici lua împăratul Franz Joseph I micul dejun. Ocazional, clădirea era folosită ca sală de dans şi pentru altfel de ocazii festive. Acum, în clădire funcţionează o cafenea.
Palatul Schonbrunn şi grădinile sale au o suprafaţă de 1,5 km².
în anul 1752, Adrian van Stekhoven a construit grădina zoologică din ordinul împăratulul Francisc Ştefan I, soţul Mariei Tereza.În centrul grădinii a fost construit un pavilion unde lua micul dejun împăratul Francisc Ştefan I şi Maria Tereza. În prezent, în acest pavilion funcţionează o cafenea. Multe din clădirile grădinii zoologice au fost distruse în 19-21 februarie 1945, în timpul celui de-al doilea Război Mondial şi multe animale au murit.
În prezent, aceasta este cea mai modernă şi cea mai veche grădină zoologică din Europa. Ea a devenit publică în anul 1778, şi a intrat în administraţia Republicii Austriece după destrămarea Imperiului Habsburgic. Ţarcurile sunt concepute astfel încât să se asigure animalelor confortul necesar precum şi habitatul natural.
În anul 1982 a venit pe lume primul pui de panda născut în Europa, pui numit Fu Long, adică Dragonul Fericit.
Palatul a devenit reşedinţa de vară a împăratului Franz Joseph I şi al lui Sisi, pentru ca în timp să devină reşedinţă permanentă a acestora.
în anul 1996, Palatul Schonbrunn, parcurile sale şi grădina zoologică au intrat în patrimoniul UNESCO.
